Проблема yum : database disk image is malformed

Если при очередной попытке установить что-либо, yum выдал Вам примерно следующее:

[leeky@darkstar ~]$ sudo yum install vim
Loaded plugins: fastestmirror, langpacks, presto, refresh-packagekit
Loading mirror speeds from cached hostfile
 * fedora: mirror.netrino.co.uk
 * rpmfusion-nonfree-updates: mirror01.th.ifl.net
 * updates: mirror.netrino.co.uk
Error: database disk image is malformed

Значит, что-то случилось с SQLite базой yum (или её кэшем), и он не доволен её структурой. Ну-с, попробуем всё починить.
Скорее всего, Вам поможет один из следующих способов:

• yum clean all : Почистить весь кэш.
• yum clean dbcache : Почистить кэш базы данных.
• Почистим кэш, и заново скачаем мета-данные из repos:

su -
yum clean metadata
yum clean dbcache
yum makecache

• крайний случай..

su -
cd /var/libs/
rm -rf yum
mkdir yum

### rebuild database
yum clean metadata
yum clean dbcache
yum makecache

• и ещё вот так можно:

su -
mv /var/lib/rpm/__db* /tmp
rpm --rebuilddb

• из ML
  rm -rf /var/lib/yum/history/*

Если ни один из вышеприведённых способов Вам не помог, попробуйте посмотреть выводы # yum history new, и  # yum check, ну и, собственно, решить проблему собственными знаниями и опытом, или с помощью поисковых систем :)

По материалам этого топика.